長門軍曹追跡の準備をする「いぬみみ小隊」。霜月が情報支援車の整備をしてい る最 中に、近隣の基地から機械兵による籠城事件が発生したとの通報が。この事件にも、長門軍曹が関わっているらしいと聞 き、いぬみみ小隊は出動する。そこには、義体化兵と機械兵の姉妹がいた。事件は無事、解決するのか！？

　情報軍技術軍曹の霜月は、量子通信機の試験のために基地Kー９に派遣されていた。 試験終了後、Kー９は核攻撃によって消失してしまう。呆然とする霜月は上司である睦月少尉と、司令部を探す旅に出 る。しかしこの睦月少尉、ケモノのような大きな耳と尻尾を持っているし、どうみても少女にしか見えない。二人の珍道 中が始まる。

　所属基地K－９を失い、流浪の旅に出た睦月美羽少尉と霜月博視軍曹。二人は旅の途 中で、未だ活動をしている基地Ｎ－０を見つける。早速、コンタクトを開始する二人だが、どうも様子がおかしい。そんなとき、二人は水無月伍長と出会う。彼女も美羽と同じような、耳と尻尾を持っていた。三人 は基地Ｎ－０の様子を探りに行くが…

　防疫研究所を目指し、荒野をひたすら進む「いぬみみ小隊」。その途中で、共産カナ ダ籍の可視光ステルス機「ブラックアロー」に遭遇する。その機体に乗っていた、サーシャ・クリフォード少佐もまた、 ケモノのような耳と尻尾を持っていた。なぜ、日本に他国の最新鋭機が存在するのか。睦月少尉たちは、またもや翻弄さ れる。

　サーシャと別れ、一路、防疫研究所のある松代へと向かう霜月たち。その途中で、美 羽と有宇は原因不明の病気に冒され、倒れてしまう。とくに美羽の症状は重く、診断機によるとタイムリミットは26時 間。そんなとき、霜月たちを無線で呼びかける少女がいた。

　行方不明の長門軍曹を追 い、美羽たち三人は再び荒野を進む。その途中で、異様な行 動をとる自律行動型無人戦車に出会い、またもやいぬみみ小隊は事件に巻き込まれる。新たなメンバー「鷺宮弥生」を加 え、小隊の新たな旅が始まる。